Корректно: В течение гарантийного срока у отремонтированного оборудования поломок не было.

Соблазн «укоротить» предлог в течение и впрямь велик, но поддаваться ему не стоит. Наречие в срок всегда означает «вовремя», сохраняя семантику и при добавлении прилагательных: в заданный срок, в условленный срок, в оговоренный срок, в намеченный срок. Словосочетание «в гарантийный срок» в приведенном контексте выглядит несколько странно: потребитель обычно не требует от оборудования сломаться вовремя, а у производителя при одной только мысли об этом сердце кровью обливается.