Вы написали верно: пирог с повидлом.

Повидло — склоняемое существительное среднего рода, окончания косвенных падежей образуются по модели мужского, поэтому творительный падеж выглядит именно так. В соответствующей статье толкового словаря Кузнецова приведен схожий пример употребления: пирожки с повидлом.

Что касается причин, побудивших проверяющего указать на ошибку, у нас три версии:

1. Он разделяет заблуждение о несклоняемости данного слова и ест «пирог с повидло».
2. Он разделяет заблуждение о женском роде данного слова и ест «пирог с повидлой».
3. Он давно не ел пирогов с повидлом и забыл, что это такое.