Вы написали верно: маракуйя, папайя.
Заимствованные существительные женского рода с флексией -а (орфографически — -я) относятся к II склонению (в соответствии с академической, а не школьной рубрикацией). Основа слова (маракуй-) неизменна во всех формах: одна маракуйя, без маракуйи, к маракуйе, в маракуйю, с маракуйей, о маракуйе; две маракуйи, без маракуй, к маракуйям, в маракуйи, с маракуйями, о маракуйях.
В русском языке все слова склоняются по правилам, просто правила эти бывают нетривиальными. Внутри II склонения выделяют т. н. мягкую разновидность существительных женского, мужского и общего рода, а в ней — существительные с основой на [j] (секвойя, радиация, статья), а в них — отдельные подвиды с нюансами склонения. Скажем, существительные на -ия в дательном и предложном падежах ед. ч. имеют окончание -и (мифы о радиации), а в существительных на -ья мягкий знак пропадает в родительном падеже мн. ч. (обзор статей).
Заимствованные существительные женского рода с флексией -а (орфографически — -я) относятся к II склонению (в соответствии с академической, а не школьной рубрикацией). Основа слова (маракуй-) неизменна во всех формах: одна маракуйя, без маракуйи, к маракуйе, в маракуйю, с маракуйей, о маракуйе; две маракуйи, без маракуй, к маракуйям, в маракуйи, с маракуйями, о маракуйях.
В русском языке все слова склоняются по правилам, просто правила эти бывают нетривиальными. Внутри II склонения выделяют т. н. мягкую разновидность существительных женского, мужского и общего рода, а в ней — существительные с основой на [j] (секвойя, радиация, статья), а в них — отдельные подвиды с нюансами склонения. Скажем, существительные на -ия в дательном и предложном падежах ед. ч. имеют окончание -и (мифы о радиации), а в существительных на -ья мягкий знак пропадает в родительном падеже мн. ч. (обзор статей).